微囊藻毒素是一種具有自我強化機制作用的生態生長調節素，高濃度MC可以影響水生植物種類的多樣性，從而幫助藍藻獲得競爭優勢，直至形成水華。水生植物則直接受到水體中的MC影響，并可能通過他感作用（allelopathy）與產生毒素的藻類發生相互作用。在MC對植物的毒性作用機制中，磷酸酶抑制途徑可能并不重要，而ROS的誘導升高可能是其主要的致毒機理。經MC-RR處理后，細長聚球藻（Synechococcuselongatus）的生長明顯受到抑制，ROS水平升高引發氧化脅迫，導致丙二醛（MDA）含量顯著升高。MC-LR誘導甲藻（Peridiniumgatunense）產生的氧化應激與MAPKs旁路關鍵酶的激活有著密切關系。

　　微囊藻毒素的毒性，具有明顯的器官選擇性。*的是對人體肝臟的毒性。大量的流行病學研究表明，當地飲用水中的微囊藻毒素含量與當地原發性肝癌的發病率有很大的相關性。

　　微囊藻毒素除了強烈的肝臟和腎臟毒性外，越來越多的研究顯示，MCs還有一定的遺傳毒性和免疫毒性。

　　微囊藻毒素可以通過損傷DNA、染色體和基因等遺傳物質，對機體造成危害。而目前免疫毒性研究，主要集中于其對免疫細胞核免疫分子的影響。動物實驗顯示，微囊藻毒素對小鼠免疫系統多個方面、多個層次的功能，顯示出明顯的抑制作用。